Die Einwohnergemeindeversammlung ist das oberste Organ in der Gemeinde und hat die Funktion der gesetzgebenden Gewalt (Legislative). Sie übt die Aufsicht über die Gemeindebehörden und sämtliche Zweige der Gemeindeverwaltung aus.
Alljährlich finden in Gebenstorf im Sommer (Rechnung) und im Herbst (Budget) die ordentlichen Gemeindeversammlungen statt. Es steht dem Gemeinderat frei, nach Bedarf eine oder mehrere ausserordentliche Gemeindeversammlung/en während des Jahres anzuordnen.
Stimmberechtigt sind Schweizerinnen und Schweizer, die das 18. Altersjahr zurückgelegt haben, nicht wegen dauernder Urteilsunfähigkeit unter umfassender Beistandschaft stehen oder durch eine vorsorgebeauftragte Person vertreten werden und spätestens 5 Tage vorher ihren politischen Wohnsitz geregelt haben.